- Oggetto:
- Oggetto:
Bioinformatica
- Oggetto:
Anno accademico 2006/2007
- Codice dell'attività didattica
- S1075
- Docente
- Ezio PORTIS (Affidamento)
- Corso di studi
- [f001-c207] laurea spec. in biotecnologie agrarie vegetali
- Anno
- 1° anno
- Tipologia
- A - Di base
- Crediti/Valenza
- 3
- SSD dell'attività didattica
- INF/01 - informatica
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Conoscenze relative alle attività principali del sistema operativo Windows, allutilizzo di Internet e del foglio elettronico Excell.- Oggetto:
Programma
sequenze di DNA; Introduzione; Traduzione concettuale e caratterizzazione degli elementi di una sequenza di DNA genomico e di cDNA; Banche dati di sequenze di DNA: Il progetto genoma umano;
Problemi pratici ed esercitazioni
- Uso del database REBASE: generazione di mappe di restrizione;
Problemi pratici ed esercitazioni
- Ricerche di omologia: il programma BLAST e le sue varianti;
Problemi pratici ed esercitazioni
- Analisi di cromatogrammi, allineamento e SNP mining; In silico SNP;
Problemi pratici ed esercitazioni
- PCR e disegno di PRIMERS; Disegno di oligo per mezzo del software Primer3; Disegno di primer per ARMS PCR; Disegno di primer per Tetra primer ARMS PCR; Uso di CODEHope per primer degenerati (e software collegati)
Problemi pratici ed esercitazioni
- Analisi delle sequenze proteiche; Identificazione di una proteina da elementi di sequenza; Analisi della sequenza; Modificazioni post-traduzionali; Predizione della struttura secondaria;
Problemi pratici ed esercitazioni
Database e mutanti (Genomic Approach); Individuazione di mutanti di inserzione in Arabidopsis (Salk Institute).
Problemi pratici ed esercitazioni
- LINUX e lopen source: introduzione e cenni.
-Utilizzo dei principali software per lanalisi dei risultati ottenuti mediante limpiego dei marcatori molecolari nella caratterizzazione della variabilità genetica e per lo studio della struttura genetica delle popolazioni:
- NTSYS-pc: applicazione dei coefficienti più comuni di similarità genetica (Jaccard, Nei e Li, Dice, Simple Matching), costruzione di dendrogrammi mediante metodo UPGMA, calcolo delle matrici co-fenetiche ed Analisi per Coordinate Principali;
- Popgene e Genepop: applicazione delle statistiche di Wright per marcatori co-dominati e delle statistiche di Nei per marcatori dominati nelle studio di popolazioni; valutazione della significatività degli scostamenti dallequilibrio Hardy-Weinberg e del Linkage disequlibrium
- Arlequin: analisi della varianza molecolare (AMOVA);
- Phylip : analisi filogenetiche;
- AFLPsurv: gestione dei dati ottenuti mediante marcatori dominanti;
- Microsat e Identity: analisi di dati ottenuti mediante marcatori co-dominanti.
Problemi pratici ed esercitazioniTesti consigliati e bibliografia
- Oggetto:
- Non esiste un testo unico in cui siano riportati in maniera adeguata tutti gli argomenti trattati nel corso. Alcune parti del programma possono essere ricavate dal volume BIOINFORMATICA di A. TRAMONTANO (Zanichelli), le restanti parti verranno descritte in apposite dispense
- Oggetto:
Note
Modalità desame:
Prova pratica- Oggetto: